培養生化菌的周期長短在于廢水的水溫和水質。若水溫高于15℃，培菌的過程較快，反之，需要的時間較長。因此，以長江流域為例，污泥的培養馴化應盡量選擇在5月到11月這段期間進行。就廢水的水質而言，無害、容易被生物降解的廢水，所需的時間一般在10-20天，反之約需30-60天，甚至更長。
在清水調試完成后，對于可生化性能較好的廢水，可以直接用廢水馴化微生物；對于化工廢水或可生化性能比較差的廢水則應采取分步培菌法，具體步驟如下：
（1）快速增殖?？焖僭鲋呈菫榱俗屛勰嗫焖偕L到填料上去。一般來說，采購來的污泥微生物都會有不同程度的受損，它們在新的環境中有一個恢復和生長的過程，需要有一個好的生存環境。如果這時直接用化工廢水馴化，其結果必然會導致微生物大量死亡。因此第1階段可用生活污水或葡萄糖或干面粉燒制的熟漿糊來培菌，每天記得給給菌種和好氧池曝氣，給微生物營造好的環境，使其可以快速恢復和生長繁殖，這種方法就叫做快速增殖法。
（2）廢水馴化。污泥生長到填料上去以后，每天在生化池內加入的干面粉可適當增加。這時，生化池內可以開始泵入廢水。初始廢水的量要小，然后每天逐步增加廢水的泵入量，直至達到設計的廢水進水量。在廢水泵入量增加的同時，葡萄糖或干面粉的投加量應相應減少直至停止投加。
培菌馴化期間，每天都要測定COD濃度，避免超負荷沖擊。當好氧池正常進廢水時，COD去除率超過百分之八十，處理后的廢水中COD濃度在200mg/L以下，說明生化池已可以正常工作。 培菌完成以后，即可進行正常的運作。
