根據微生物的好氧量，可將生化處理分為好氧處理與缺氧處理兩類，同時缺氧生化處理又可細分為兼氧處理和厭氧處理。
好氧生化處理是通過好氧微生物對廢水的氧化分解來降低污水中的有機物，以達到污水處理的效果；而在兼氧生化處理過程中，微生物通過少量氧來實現對廢水中的有機物進行降解，如果水中氧太多，兼氧微生物反而生長不好從而影響它對有機物質的處理效率。
對于COD濃度較高的廢水可用兼氧微生物來進行處理，COD去除率一般在百分之五十到百分之八十；而好氧微生物在COD濃度較低的廢水，也可以達到對COD百分之五十到百分之八十的去除率，當然這兩種處理的時間都不太長，一般都在12-24小時。人們利用兩者之間的差別和相同之處，將其組合起來，先用兼氧生化處理處理COD濃度較高的廢水，再對處理后的COD濃度較低的污水進行好氧生化處理，這樣不僅可以減少生化池的容積，還可以節省環保投資和日常的運行費用。
歸根來說，兩種處理的原理和作用是一樣的。但還是有一些不同之處，例如：厭氧微生物的生長及降解有機物是不需要氧的，且厭氧微生物可適應更高COD濃度的廢水。
